lammps

Installation

• Version installée (le 6 mars 2023) : 8fev2023

• Notes d’installation:

Cette version a été compilée avec Intel One API 2022.3.1 et utilise la librairie fftw 3.3.10 compilée également avec Intel One API. Récupération des binaires depuis le site LAMMPS. Utilisation de cmake 3.25.1 pour la compilation. Voir le répertoire de build /usr/local/prod/lammps_8Feb2023/ioa_build.

La commande cmake utilisée est :

cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/lammps_8fev2023_iOA2022.3.1 \
  -D CMAKE_CXX_COMPILER=icpx         \
  -D CMAKE_C_COMPILER=icx            \
  -D CMAKE_Fortran_COMPILER=ifort    \
  -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release        \
  -D LAMMPS_MACHINE=8fev23_ioa \
  -D FFT=FFTW3 \
  -D FFTW3_INCLUDE_DIR=/usr/local/fft3w3310_iOA2022.3.1/include \
  -D FFTW3_LIBRARY=/usr/local/fft3w3310_iOA2022.3.1/lib/libfftw3.a \
  -D BUILD_MPI=yes \
  -D BUILD_OMP=yes \
  -D PKG_CLASS2=yes \
  -D PKG_KSPACE=yes \
  -D PKG_MANYBODY=no \
  -D PKG_MC=no \
  -D PKG_MISC=yes \
  -D PKG_MOLECULE=yes \
  -D PKG_EXTRA-MOLECULE=yes \
  -D PKG_OPT=yes \
  -D PKG_RIGID=yes \
  -D PKG_DPD-BASIC=no \
  -D PKG_INTEL=yes \
  -D PKG_MISC=yes \
  -D PKG_MOLFILE=yes \
  -D PKG_OPENMP=yes \
  -D PKG_REACTION=yes \
  -D PKG_EXTRA-PAIR=yes \
  -D PKG_EXTRA-FIX=yes \
  ../cmake/

• Nettoyage

> make clean

dans chaque répertoire de build. Pas de création d’archive car on doit souvent fouiller dans les sources.

Configuration utilisateur

• le nom de l’exécutable est lmp_8fev23_ioa.

• ajouter la ligne suivante dans le .bash_profile.

export PATH=$PATH:/usr/local/lammps_8fev2023_iOA2022.3.1/bin

• si ce n’est pas déjà fait, activer les variables d’environnement du compilateur Intel One API avec la commande :

> source /usr/local/intel/oneapi/setvars.sh

• pour les soumissions batch sur la grappe curry :

# a faire systematiquement
source /usr/local/intel/oneapi/setvars.sh

# a faire si cette ligne n est pas dans le .bash_profile
export PATH=$PATH:/usr/local/lammps_8fev2023_iOA2022.3.1/bin

Les variables seront alors exportées uniquement pendant la durée du job.